O objetivo central do curso é formar pessoal capacitado para atuar no estudo de problemas técnicos e científicos na área de Engenharia Oceânica, integrando-se à filosofia e política institucional da FURG. Para atingir este objetivo, os alunos do curso são levados a desenvolver trabalhos que envolvem conhecimentos inerentes à investigação científica na área de engenharia, notadamente:

a) modelagem matemática;

b) experimentos laboratoriais;

c) observações de campo e

d) proposição e implementação de ações.

Ao concluir o curso, o aluno de mestrado deve conhecer e ser capaz de executar procedimentos técnicos e metodológicos que permitam a investigação científica teórica e experimental em Engenharia Oceânica.